Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件
admin
2023-07-31 02:28:48
0次 
# -*- coding: utf-8 -*-
\"\"\"
Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015

@author: chaofn
\"\"\"
import os

\"\"\"
这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件）
批处理
将pdb文件生成dssp文件

\"\"\"
#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir(\'/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb\')
#遍历整个列表
for i in range(len(fileLine)-1):
  #将字符串用变量表示
  input_file=\'/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/\'+fileLine[i]
  #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名
  out_file=fileLine[i].split(\'.\')[0]+\'.dssp\'
  output_file=\'/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/\'+out_file
  #注意：参数的传递（先是%s，然后是%变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用%
  os.system(\'/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s\' %(input_file,output_file))

pdb文件 Pthon 批量处理 生成dssp文件

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